يتألف الديوان من قضاة ومراقبين ومدققي حسابات ويلحق به موظفون إداريون، وتكون لديه نيابة عامة مستقلة.
 يطبق على القضاة نظام القضاة ويطبق على المراقبين والموظفين الإداريين نظام موظفي الدولة.
 وقد تضمن قانون الديوان الأحكام الأساسية المتعلقة بتنظيمه وسير العمل فيه، وهي تعطي رئيس الديوان سلطة تنظيمية واسعة لتنظيم الإدارة الداخلية وتأمين سير العمل وممارسة مختلف الصلاحيات المالية والإدارية التي تنيطها القوانين والأنظمة بالوزير باستثناء الصلاحيات الدستورية.

 
النيابة العامة لدى ديوان المحاسبة

 تمثل النيابة العامة الحكومة لدى ديوان المحاسبة، ويقوم بوظيفة النيابة العامة المدعي العام لدى ديوان المحاسبة ويقوم معاونو المدعي العام بوظيفة المدعي العام تحت إشرافه.

 أما أبرز اختصاصات النيابة العامة فهي:

• تلقي الإعلام بالمخالفات المالية والتحقيق فيها والادعاء بشأنها أمام ديوان المحاسبة.
• إبداء المطالعات الخطية بتقارير التفتيش المالي التي ترد عن طريق رئيس هيئة التفتيش المركزي. كما أن للنيابة العامة صلاحية تكليف التفتيش إجراء أي تفتيش أو تحقيق تقتضيه المصلحة العامة.
• إبداء المطالعات حول تقارير المستشارين في إطار الرقابة القضائية في الديوان عندما يتعلق الأمر بإعادة النظر أو بتعيين الصلاحية أو إشغال الذمة أو إبرائها أو فرض الغرامة.
• طلب إعادة النظر في القرارات الإدارية في نطاق الرقابة المسبقة وفي القرارات القضائية أمام الهيئة التي أصدرت القرار.
• طلب نقض القرارات القضائية أمام مجلس شورى الدولة.
• الطلب إلى النيابة العامة التمييزية ملاحقة أي موظف إرتكب أو إشترك في إحدى الجرائم التي من شأنها أن تلحق ضرراً بالإدارة العامة أو بالأموال العمومية أو بالأموال المودعة في الخزينة.